Zu den grundlegenden Aufgaben des Museums für Naturkunde gehört die Beantwortung der Frage: Welche Tierarten lebten bzw. leben auf unserem Planeten? Diese Erfassung der rezenten Biologischen Vielfalt (Biodiversität), sowie auch der Biodiversität vergangener Zeitalter, einschließlich der Beschreibung neuer Tierarten und der Einordnung der Arten in ein phylogenetisches System aufgrund ihrer verwandtschaftlichen Beziehungen (Taxonomie), ist die Grundlage für alle weiteren biologischen Teildisziplinen im Museum für Naturkunde, z.B. in der Zoologie, Entomologie und Paläontologie.

Hier gilt der abgewandelte Spruch: Man kann nur Arten beforschen, die man auch kennt, also wissenschaftlich benannt und beschrieben hat um sie gezielt ansprechen zu können.

Alle Forschungsarbeiten und -projekte, die sich auf diese fundamentale Arbeit beziehen, sind im Forschungsbereich „Entdeckung der Biodiversität“ vereint. Der Auftrag des Forschungsbereichs geht aber über diese Aufgabe hinaus und widmet sich dem Gesamtspektrum der Biodiversitätsforschung.

Unter anderem untersuchen wir, welche Arten wo vorkommen und auch warum sie dort vorkommen (Biogeografie) und mit welchen anderen Arten sie co-existieren (Dokumentation von Artengemeinsschaften). Dieses Wissen bildet die Grundlage für weitere, angewandte Forschungsprojekte.

Für den praktischen Naturschutz, zum Beispiel, ist eine exakte Dokumentation des Artenspektrums und dessen Veränderungen im Verlauf der Zeit, also ein Monitoring, unumgänglich. Die Naturschutzplanung und das Naturschutzmanagement sind somit ein wichtiger Aspekt der Aktivitäten im Forschungsbereich „Entdeckung der Biodiversität“.

Der Großteil der Aufgaben in diesem Forschungsbereich steht gleichzeitig für eine direkte Nutzung der Sammlungen des Museums, weshalb er stark vom Forschungsbereich „Sammlungsentwicklung“ abhängig ist. Enge Verbindungen gibt es ebenfalls zu den Forschungsbereichen “Genom - Organismus – Umwelt“ und „Diversitätsdynamik“, da Forschungsprojekte aus diesen Bereichen stark auf Erkenntnisse und Ergebnisse aus dem Forschungsbereich „Entdeckung der Biodiversität“ basieren. Der geografische Fokus unserer Forschungsprojekte konzentriert sich auf die Paläarktis, Süd-Ost Asien (insbesondere zu Fragen der Evolutionsbiologie und Biogeografie) und Afrika (mit einem Schwerpunkt auf Biodiversitätsveränderungen in Zusammenhang mit dem Schwinden der Lebensräume und Klimawandel).

Der Forschungsbereich „Entdeckung der Biodiversität“ ist aufgrund der Anzahl der beteiligten Personen und Projekte einer der beiden größten Forschungsbereiche am Museum. Mit seinen zoologischen und paläontologischen Projekten ist er interdisziplinär angelegt.

• Freshwater Diversity Identification for Europe (FREDIE; Förderung im Rahmen des SAW-Wettbewerbs der Leibniz-Gemeinschaft) (PD Dr. Matthias Glaubrecht)
• Palaeoecology and evolution of Pliocene-Pleistocene Turkana Basin molluscs: implications for basin formation and the evolution of hominins in East Africa (PD Dr. Matthias Glaubrecht)
• Assessing biodiversity in Southeast Asian freshwaters (PD Dr. Matthias Glaubrecht)
• Phylogenie und Phylogeographie von Brutbeutel tragenden Süßwasser-Gastropoden (Thiaridae) in Australien (PD Dr. Matthias Glaubrecht)
• Distributed Dynamic Diversity Databases for Life (4D4Life) (Dr. Christoph Häuser)
• Taxonomie und Systematik der Issidae (Hemiptera Fulgoromorpha) (Prof. Dr. Hannelore Hoch; A.-v.-Humboldt-Stipendium für Dr. Vladimir Gnezdilov, St. Petersburg, Zoological Institute, Academy of Sciences)
• Pflanzenwespendiversität in Südafrika (Dr. Frank Koch)
• Diversität und Paläoökologie der Wirbeltiere aus der Oberkreide des Sudan (Prof. Dr. Johannes Müller)
• Taxonomie und Systematik von Süßwasserschnecken (Dr. Thomas von Rintelen)
• Biogeography at the Sundaland-Wallacea interface: testing hypotheses with freshwater shrimps (Dr. Kristina von Rintelen)
• Amphibien des Mounts Nimba - Ökologie, Population, Genetik, Naturschutz (PD Dr. Mark-Oliver Rödel)
• Kryptische Diversität bei Petropedetes und Conraua (PD Dr. Mark-Oliver Rödel)