Das Museum für Naturkunde ist eine eigenständige Stiftung des öffentlichen Rechts und besitzt drei Organe:
• Stiftungsrat
• hauptamtlicher Generaldirektor, der das Museum leitet
• wissenschaftlicher Beirat

Das Museum gliedert sich in vier dauerhafte Einheiten und derzeit sechs zeitlich befristete Bereiche. Die dauerhaften Einheiten sind :
• Abteilung für Sammlungen
• Abteilung für Forschungsinfrastruktur
• Abteilung für Ausstellungen und öffentliche Bildung
• Generaldirektion, einschließlich Verwaltung 

Die sechs zeitlich befristete Forschungsbereiche sind Querschnittsbereiche, die sich intensiv den Forschungsfragen des Museums widmen. In ihnen sind die Forschungsprojekte angesiedelt. Entsprechend den wissenschaftlichen Schwerpunkten des Museums gibt es folgende Forschungsbereiche:
• Entdeckung der Biodiversität
• Genom – Organismus – Umwelt
• Diversitätsdynamik
• Impakte, Meteoriten und Geoprozesse
• Sammlungsentwicklung
• Wissenschaftskommunikation und Wissensgeschichte

Jeder Forschungsbereich hat einen eigenen Sprecher.

Weitere Informationen können dem Organigramm des Museums (siehe rechts) entnommen werden.