Die Korallensammlung geht auf die Kollektion von Schlotheim zurück, die in den 1830 Jahren von der Humboldt-Universität erworben wurde. Sie umfasst etwa 10.000 Exemplare mit einem Anteil an Typusmaterial.

Zu den bedeutenden Bestandteilen gehören:
• historische Sammlungen (z.B. von Schlotheim), darunter mehrere Typusexemplare
• Korallen von der Tendaguru-Expedition
• mitteldevonische Korallen aus der Eifel

Die Sammlung befindet sich in der Hauptsammlung „Fossile Invertebraten“ (Mesozoikum und Känozoikum, partiell Paläozoikum) und im Devonsaal (Paläozoikum).