
Das Museum für Naturkunde wurde zum 1. Januar 2009 aus der Humboldt-Universität zu Berlin, zu der es bisher gehörte, ausgegliedert. Es bildet nun die Stiftung des Öffentlichen Rechts „Museum für Naturkunde – Leibniz-Institut für Evolutions- und Biodiversitätsforschung an der Humboldt-Universität zu Berlin“. Seit 1. Januar 2009 ist das Museum auch Mitglied der Leibniz-Gemeinschaft. Es wird von einem hauptamtlichen Generaldirektor geleitet und gliedert sich in drei Abteilungen:
und in eine Generaldirektion.
Der Generaldirektor und die Abteilungsleiter bilden das Direktorium. Dieses beschließt in Grundsatzfragen des Museums. Der Generaldirektor wird durch einen Wissenschaftlichen Geschäftsführer unterstützt.
Die Abteilung für Ausstellungen und Öffentliche Bildung ist für die öffentlichen Ausstellungen und das museumspädagogische Programm des Museums zuständig. Neben dem eigenen Personal der Abteilung sind auch alle anderen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Museums in die Öffentlichkeitsarbeit und die vielseitigen Bildungsangebote der Abteilung eingebunden.
Die Abteilung für Sammlungen betreut die großen und außerordentlich wertvollen mineralogischen, paläontologischen und zoologischen Sammlungen des Museums. In der Abteilung für Sammlungen sind alle Personen tätig, die (auch) für die Betreuung der Sammlungen zuständig sind, darunter die meisten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler des Museums, die so genannten Kustodinnen und Kustoden.
Für die Forschung des Museums zeichnet die Abteilung für Forschung verantwortlich. Hier sind die Forschungslabore und das dazugehörige Personal angesiedelt. Ebenfalls Mitglieder der Abteilung sind alle Professorinnen und Professoren des Museums.
Die Generaldirektion umfasst die zentralen Dienste des Museums. Sie gliedert sich in folgende Einrichtungen: